El Condor Pasa bekam bei der Namensgebung einen “Second Hand”-Namen, denn er war nicht das erste Pferd, dem Takashi Watanabe den Namen „El Condor Pasa“ gab. Da er einige Jahre zuvor ein anderes Pferd mit demselben Namen besaß, das jedoch eine tödliche Verletzung erlitt und eingeschläfert werden musste, bevor es sein Debüt geben konnte, entschied er sich, es noch einmal mit dem Namen zu versuchen. El Condor Pasa wurde nach dem gleichnamigen peruanischen Musiktheaterstück benannt, da Watanabe in seiner Alma Mater einen Freund hatte, der einige Zeit in Peru verbracht hatte und ihn mit der Musik in Kontakt brachte. Also wurde es eben El Condor Pasa. Der Hengst kam in Kentucky zur Welt. Sein Vater, Kingmambo, war auch der Vater von Light Shift, Russian Rhythm, King’s Best, Henrythenavigator, Virginia Waters und Rule of Law. Watanabe schickte das Pferd zum Training zu Yoshi Ninomiya, der einen kleinen Stall mit nur zehn Pferden betrieb.
El Condor Pasa gewann sein einziges Rennen als Zweijähriger im Jahr 1997. Im folgenden Jahr gewann er seine ersten vier Rennen, wobei am 17. Mai der Gruppe 1 Treffer im NHK Mile Cup folgte. Nach einer Sommerpause kehrte er im Oktober zurück und versuchte sich zum ersten Mal über eine Meile, als er im Mainichi Okan Zweiter hinter Silence Suzuka wurde. Obwohl er seinen ungeschlagenen Rekord verlor, startete er als dritter Favorit (5/1) in den Japan Cup über eineinhalb Meilen am 29. November. Er wurde von Masayoshi Ebina geritten, übernahm auf der Geraden die Führung und gewann mit zweieinhalb Längen Vorsprung vor der Stute Air Groove und dem Favoriten Special Week. Sein Sieg wurde von den 146.879 Zuschauern begeistert aufgenommen und sein Trainer beschrieb den Sieger als „einen Helden… er hat ein großes Herz“.
1999 wurde El Condor Pasa nach Frankreich geschickt, wo er mit dem Prix de l’Arc de Triomphe als Ziel trainiert wurde. Bei seinem ersten Einsatz in Europa wurde er im Mai auf der Rennbahn von Longchamp Zweiter hinter Croco Rouge im Prix d’Ispahan. Zwei Monate später traf er im Grand Prix de Saint-Cloud auf Gegner aus Frankreich, Deutschland und Großbritannien. Ebina schickte den Hengst auf der Geraden in Führung und er gewann mit zweieinhalb Längen Vorsprung vor Tiger Hill und Dream Well, während Sagamix und Borgia nicht platziert waren.
Bei seiner letzten Prüfung für den Arc besiegte er Borgia und Croco Rouge im Prix Foy in Longchamp im September. Am 3. Oktober startete El Condor Pasa als 18/5 zweiter Favorit für den Arc hinter Montjeu, dem dreijährigen Gewinner des Prix du Jockey Club und des Irish Derby. El Condor Pasa führte vom Start weg und setzte sich auf der Geraden vom Feld ab, um einen Vorsprung von drei Längen herauszuholen. Montjeu erwies sich als sein einziger Herausforderer, und obwohl El Condor Pasa bitterlich kämpfte, als der französische Hengst neben ihm herlief, wurde er auf den letzten hundert Metern überholt und um eine halbe Länge geschlagen. Die beiden Erstplatzierten hatten sechs Längen Vorsprung auf den drittplatzierten Croco Rouge.
El Condor Pasa wurde anschließend als Deckhengst aufgestellt, für ihn ging es auf die Shadai Hengststation. Im Juli 2002 erkrankte das Pferd schwer an einer Kolik. El Condor Pasa wurde operiert, starb jedoch am 16. Juli um 21.10 Uhr.
